CDX1

CDX1
Ідентифікатори
Символи	CDX1, caudal type homeobox 1, Homeobox protein CDX-1
Зовнішні ІД	OMIM: 600746 MGI: 88360 HomoloGene: 1366 GeneCards: CDX1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • зв'язування з ДНК • специфічне до послідовності зв'язування з ДНК • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001948, GO:0016582 зв’язування з білками плазми • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • зв'язування з метильованими CpG-динуклеотидами • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding Клітинна компонента • клітинне ядро Біологічний процес • animal organ morphogenesis • розвиток багатоклітинного організму • pattern specification process • bone morphogenesis • диференціація клітин • anterior/posterior axis specification • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of somitogenesis • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • anterior/posterior pattern specification • transcription by RNA polymerase II • ДНК-матрична транскрипція • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 регуляція транскрипції РНК-полімеразою II Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1044	12590
Ensembl	ENSG00000113722	ENSMUSG00000024619
UniProt	P47902	P18111
RefSeq (мРНК)	NM_001804	NM_009880
RefSeq (білок)	NP_001795	NP_034010
Локус (UCSC)	Хр. 5: 150.17 – 150.18 Mb	Хр. 18: 61.15 – 61.17 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

CDX1 (англ. Caudal type homeobox 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 265 амінокислот, а молекулярна маса — 28 138.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MYVGYVLDKD		SPVYPGPARP		ASLGLGPQAY		GPPAPPPAPP		QYPDFSSYSH
VEPAPAPPTA		WGAPFPAPKD		DWAAAYGPGP		AAPAASPASL		AFGPPPDFSP
VPAPPGPGPG		LLAQPLGGPG		TPSSPGAQRP		TPYEWMRRSV		AAGGGGGSGK
TRTKDKYRVV		YTDHQRLELE		KEFHYSRYIT		IRRKSELAAN		LGLTERQVKI
WFQNRRAKER		KVNKKKQQQQ		QPPQPPMAHD		ITATPAGPSL		GGLCPSNTSL
LATSSPMPVK		EEFLP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, білків розвитку. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Bonner C.A., Lofus S.K., Wasmuth J.J. (1995). Isolation, characterization, and precise physical localization of human CDX1, a caudal-type homeobox gene. Genomics. 28: 206—211. PMID 8530027 doi:10.1006/geno.1995.1132
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Serra R.W., Fang M., Park S.M., Hutchinson L., Green M.R. (2014). A KRAS-directed transcriptional silencing pathway that mediates the CpG island methylator phenotype. Elife. 3: E02313—E02313. PMID 24623306 doi:10.7554/eLife.02313

Див. також

• Хромосома 5