Stasiun KA Bandara Kualanamu berdiri dengan megah di area terdepan bangunan Bandara Internasional Kuala Namu dengan luas keseluruhan sekitar 10.000 m2. Stasiun KA Bandara terhubung dengan bangunan inti Bandara oleh 2 buah travellator di lantai 2 yang akan memudahkan akses para penumpang.
Bangunan Stasiun KA Bandara Kualanamu sendiri terdiri dari 2 lantai dimana lantai 1 untuk kedatangan dan keberangkatan menuju Stasiun KA Bandara Medan, sedangkan lantai 2 merupakan akses menuju area check-in bandara.