El clima en el aeropuerto es tropical oceánico semiárido, característico de las islas del archipiélago de Galápagos. Está determinado principalmente por su ubicación ecuatorial en el océano Pacífico y por la influencia de corrientes marinas como la corriente fría de Humboldt y la corriente cálida de Panamá. Estas condiciones provocan temperaturas relativamente cálidas y estables durante todo el año, con una amplitud térmica anual reducida. La temperatura media anual suele situarse entre 23 y 25 °C, con días cálidos y noches templadas moderadas por la influencia marítima.
Las precipitaciones presentan una clara estacionalidad. La estación cálida y húmeda se desarrolla generalmente entre diciembre y mayo, periodo en el que se registran lluvias más frecuentes, cielos más despejados y temperaturas ligeramente superiores. Por el contrario, entre junio y noviembre predomina la estación fresca o de garúa, caracterizada por precipitaciones escasas, mayor nubosidad y la presencia frecuente de neblinas o lloviznas ligeras asociadas a la influencia de la corriente de Humboldt. En conjunto, las precipitaciones anuales son moderadas y el tiempo puede variar a lo largo del día, alternando periodos de sol, nubosidad variable y chubascos breves, rasgos típicos del clima oceánico ecuatorial del archipiélago de Galápagos.
Parámetros climáticos promedio de Aeropuerto de San Cristóbal, Ecuador
↑Censos, Instituto Nacional de Estadística y. «Anuarios de Transporte». Instituto Nacional de Estadística y Censos. Consultado el 29 de septiembre de 2022.
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Parámetros climáticos promedio de Aeropuerto de San Cristóbal, Ecuador 
18,5%
Datos: Q2875915
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