Stam (biologie)
In de biologie is een stam of (Oudgrieks φῦλον, via Latijn: phylum) fylum een taxonomische rang, of een taxon in die rang. De plantkunde spreekt van afdeling of (Latijn) divisio. Het is een fundamenteel classificatieniveau dat wordt gebruikt om organismen in grote, evolutionair verwante groepen in te delen. Het dierenrijk (Animalia) bevat ongeveer 35 stammen en het plantenrijk (Plantae) ongeveer 14. Stammen worden op basis van onder meer fylogenetisch onderzoek weer in hogere niveaus gegroepeerd.
Binnen een stam worden organismen samengebracht die een gemeenschappelijke evolutionaire oorsprong delen en die een vergelijkbaar fundamenteel lichaamsplan of morfologische organisatie bezitten. De overeenkomsten hebben betrekking tot symmetrie van het lichaam, aanwezigheid van een lichaamsholte (coeloom), ontwikkelingspatronen tijdens de embryonale fase en bepaalde moleculaire kenmerken.
Geschiedenis
[bewerken | brontekst bewerken]De Duitse bioloog Ernst Haeckel speelde een belangrijke rol bij het introduceren en populariseren van de term 'phylum' of 'stam' rond 1866. Haeckel werkte in de context van de evolutietheorie van Charles Darwin, die kort daarvoor was gepubliceerd. Hierdoor kreeg classificatie een nieuwe betekenis: groepen moesten niet alleen uiterlijk op elkaar lijken, maar ook een gemeenschappelijke evolutionaire oorsprong hebben.[1]
In de plantentaxonomie werd een vergelijkbaar concept geïntroduceerd door de botanicus August Wilhelm Eichler in 1883. Hij verdeelde planten in vijf grote groepen, die hij divisies noemde. De term divisie wordt in de botanische classificatie nog steeds gebruikt en is functioneel gelijkwaardig aan de term stam in de dierkunde.[2][3]
Bacteriestam
[bewerken | brontekst bewerken]
Zie Stam (microbiologie) voor het hoofdartikel over dit onderwerp.Bij de bacteriën en andere micro-organismen worden verschillende stammen onderscheiden. 'Stam' wordt hier vermeden, want 'stam' heeft hier nog een andere, niet-taxonomische betekenis, die hiërarchisch gezien nog lager dan een soort ligt. Zo wordt met stam een reincultuur of isolaat aangeduid die van andere isolaten kan worden onderscheiden op basis van morfologische of genetische eigenschappen. Een reincultuur is een cultuur van bacteriën die zuiver is, in de betekenis dat alle bacteriën in die cultuur afstammen van één enkele bacteriële kolonie.
Bacteriële fyla
[bewerken | brontekst bewerken]Grote evolutionaire groepen van bacteriën worden aangeduid als bacteriële fyla (enkelvoud: fylum). Bacteriële fyla worden gedefinieerd op basis van sequentiegegevens.[4] In 2020 werden 41 bacteriële fyla formeel erkend door de LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature).[5] Er zijn nog vele tientallen andere fyla voorgesteld,[6] en vermoedelijk zijn er nog honderden niet ontdekt.[4]
Zie ook
[bewerken | brontekst bewerken]- ↑ (en) Levit GS, Hossfeld U. (2019). Ernst Haeckel in the history of biology. Current Biology 29 (24): R1276-R1284. DOI: 10.1016/j.cub.2019.10.064.
- ↑ (en) McNeill J. (2012). International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Melbourne Code). International Association for Plant Taxonomy. Geraadpleegd op 19 februari 2026.
- ↑ (en) Berg LR. (2007). Introductory Botany: Plants, People, and the Environment, 2nd. Cengage Learning, 15. ISBN 978-0-534-46669-5.
- 1 2 (en) Yarza P, Yilmaz P, Pruesse E, Glöckner FO, Ludwig W, Schleifer K, Whitman WB, et al. (2014). Uniting the classification of cultured and uncultured bacteria and archaea using 16S rRNA gene sequences. Nature Reviews Microbiology 12 (9): 635-645. DOI: 10.1038/nrmicro3330.
- ↑ (en) Parte AC, Sardà Carbasse J, Meier-Kolthoff JP, Reimer LC, Göker M. (2020). List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) moves to the DSMZ. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 70 (11): 5607-5612. DOI: 10.1099/ijsem.0.004332.
- ↑ (en) Parks DH, Rinke C, Chuvochina M, Chaumeil P, Woodcroft BJ, Evans PN, Hugenholtz P, et al. (2017). Recovery of nearly 8,000 metagenome-assembled genomes substantially expands the tree of life. Nature Microbiology 2 (11): 1533-1542. DOI: 10.1038/s41564-017-0012-7.
